Цели армады — это мощные вражеские оппоненты, которых можно атаковать лишь в составе армады, так как они слишком сильные для обычной атаки. Они встречаются в различных звездных системах в пространствах Федерации, клингонов и ромуланцев, а также в нейтральных территориях.

Каждый отдельный альянс может одновременно формировать только одну армаду против какого-либо отдельно взятого вражеского оппонента. Но можно создавать несколько армад для одновременного нападения на разные цели.

Параметры, на которые действуют результаты исследований и способности офицеров и кораблей, действуют против армад Федерации, клингонов и ромуланцев так же, как и против других целей этих фракций. За победу над ними вы получите в награду очки фракций. Однако, в отличие от боев с обычными разбойниками, за поражение в бою с целями армады вы не будете терять очки фракций.