Os alvos da armada são adversários fortes que só podem ser atacados por armadas, pois são poderosos demais para derrotar com ataques comuns. Eles podem ser encontrados em determinados sistemas da Federação, klingon, romulano e no espaço neutro.
A aliança só pode ter um ataque de armada ativo contra um determinado alvo por vez, mas pode ter ataques ativos contra vários alvos inimigos diferentes ao mesmo tempo.
Inimigos de armada que pertençam às facções da Federação, klingon ou romulana contam como membros de tal facção para pesquisa e habilidades de oficial e nave. Derrotá-los concederia recompensas em ponto de facção, porém, diferente dos inimigos comuns, não há penalidade de ponto de facção.
A aliança só pode ter um ataque de armada ativo contra um determinado alvo por vez, mas pode ter ataques ativos contra vários alvos inimigos diferentes ao mesmo tempo.
Inimigos de armada que pertençam às facções da Federação, klingon ou romulana contam como membros de tal facção para pesquisa e habilidades de oficial e nave. Derrotá-los concederia recompensas em ponto de facção, porém, diferente dos inimigos comuns, não há penalidade de ponto de facção.