Star Trek Fleet Command é um jogo de estratégia e, como tal, oferece a oportunidade para que você fique cada vez mais forte no jogo ou para que se concentre em diferentes aspectos do seu desenvolvimento, usando as pesquisas, bônus e habilidades dos oficiais.

Se seus oficiais estão proporcionando um bônus para o casco da sua nave durante a batalha, pode acontecer que você vença essa batalha e sua nave seja destruída de qualquer maneira. A razão para isso é que o bônus do casco concedido pelos oficiais protege a sua nave até o momento da vitória; assim que a batalha termina, o bônus não é mais aplicado e, dependendo dos atributos restantes de saúde e do casco, sua nave poderá acabar sendo destruída. Esse é o comportamento pretendido e um pequeno truque de estratégia que você pode usar para aumentar os atributos da sua nave. Observe que sua vitória será normalmente contabilizada para as suas missões, como de costume.