この新しいセクション31勢力ストアには6つのランクがあり、新しい「セクション31の好意」、ウェーブ防衛チャレンジ用のバフ、特別な再装備、「セクション31サイファー」ウェーブ防衛エントリーチケット、プライム粒子、シンジケートXP、シグマ資源、さらにはストライク乗組員である将校とキャロル・フリーマンのための新しい常設調達場所などのエキサイティングな報酬が用意されています。

セクション31の特典の一部として、十分な評判があればストアで「同盟レイドクイックスタート」を解放することも可能です。この新機能は同盟とソロ同盟レイドでのみ機能し、リーダーは同盟レイドが開始された後、待つ代わりにいつでもスピードアップを使い、カウントダウンタイマーを減らすことができます。施設をレベルアップすればするほど、セクション31ストアでより多くのセールが解放されます。