この新しいゲームモードは、指揮官としての社交的な側面を拡大し、戦略を練って強敵を打ち負かす能力が試されます。セクション31 - まったく新しい勢力 - は連邦の最善の利益を守るため、あなたの忠誠と援助を必要としています。最強の船を2隻割り当て、他の4人のプレイヤーとチームを組み、どんどん強くなる敵対船のウェーブからセントラル・エンティティ（CE）を守りましょう。
ウェーブ防衛はセクション31秘密基地とボーグ研究所という、防衛しなければならない2つの中心地からスタートします。これらは25の新しい星系に分散されます。
機能
このゲームモードは作戦本部レベル30で、同時に新しい施設：ファケードと共に解放されます。
敵対船はあらかじめ決められた場所に出現し、CEを破壊する目的でCEに向かって移動します。一定数の敵がCEに到達すると、ウェーブ防衛は失敗です。チームやセントラル・エンティティが第1ウェーブ中に破壊された場合、報酬はありません。しかし、チームが少なくとも最初のウェーブを生き延びれば、戦利品を手に入れる資格が与えられます。例えば、あなたの船がウェーブ1で破壊されても、グループが4つのウェーブを完了すれば、全員が4ウェーブ分の報酬を得ることができます。リリース時には全部で10のウェーブが予定されており、それぞれのウェーブを撃退すると、プレイヤーは「セクション31クレジット」、勢力ストアの新しい「セクション31」で使える通貨を獲得します。
ウェーブ防衛はセントラル・エンティティの中でリリースされます。セクション31サイファーはウェーブ防衛の開始に使用する通貨です。チームのメンバーが足りなくても開始することはできますが、お勧めはできません。ウェーブ防衛はタイマーが0になる、またはリーダーが開始を選択して、始まります。参加する場合は、まず乗船する船を停泊させ、その船でウェーブ防衛星系まで移動する必要があります。その時点で星系内にいる全ての船がウェーブ防衛の一部となり、それ以上の船は参加できなくなります。すでに進行中のウェーブ防衛がある場合、その星系で新しいウェーブ防衛を開始することはできないことに留意してください。
各ウェーブは難易度が上がります。ウェーブは、連邦探索艦、クリンゴン迎撃艦、ロミュラン戦艦のセットで構成されています。さらに、ウェーブ防衛のレベルに応じて、プレイヤーはスワーム、ボーグ、アクティアン、生命体8472、ヒロージェン、テキサス級の敵対船に対処する必要があります。やってくる敵対船のタイプに対抗するための船をチームに配備、調整する必要があります。ウェーブ防衛の途中で船を修理することはできませんので、ご注意ください。
セクション31の特典の一部として、十分な評判があればストアで「同盟レイドクイックスタート」を解放することも可能です。この新機能は同盟とソロ同盟レイドでのみ機能し、リーダーは同盟レイドが開始された後、待つ代わりにいつでもスピードアップを使い、カウントダウンタイマーを減らすことができます。施設をレベルアップすればするほど、セクション31ストアでより多くのセールが解放されます。
この施設は作戦本部レベル30で解放され、ウェーブ防衛には欠かせません。ウェーブ防衛の敵対船に対して追加ダメージを与えるだけでなく、船体HPと将校のステータスを向上させます。施設をアップグレードするための原料「セクション31送信機」は、セクション31勢力ストアで購入可能になります。
ウェーブ防衛：ゲームプレイ基礎&ループ
勝利基準：すべてのウェーブをクリアし（すべての敵対船を破壊）、かつセントラル・エンティティが破壊されておらず、かつチームメンバーが少なくとも1人生存していること。
敗退基準：チーム全員が撃退されるか、セントラル・エンティティが破壊される。チームやセントラル・エンティティが第1ウェーブ中に破壊された場合、報酬はありませんので、ご注意ください。
ウェーブ防衛：星系ビュー
ウェーブ防衛は開始準備ができています（このアイコンで参加しているプレイヤーはウェーブ防衛のリーダーです）
ウェーブ防衛にはリーダーがおり、さらなるプレイヤーを待っています（プレイヤーはまだメンバーではありません）
ウェーブ防衛の一部が他のプレイヤーが参加するのを待っています（プレイヤーはメンバーです）
ウェーブ防衛はすでに開始され、参加することはできません（プレイヤーはそのウェーブ防衛のメンバーではありません）
プレイヤーは進行中のウェーブ防衛チームのメンバーで、撃退されても星系を見ることができます
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A：新しいウェーブ防衛アップデートとは？
A：作戦本部レベル40～50から50～65以上まで、テラン帝国をテーマにしたウェーブ防衛戦を2つ追加します。既存のウェーブ防衛星系と同じ場所に設置され、そのための新しい指令（セクション31鏡像サイファー）は鏡像精錬所で獲得可能です。サイファーは1,500の「セクション31クレジット」を消費することで獲得でき、3日ごとにウェーブ防衛1回のローンチに必要な指令を提供します。
Q：その他のウェーブの新情報
A：ウェーブ防衛との遭遇に成功すると、液体トレリウム（到達したウェーブに基づく）と新しいセクション31鏡像クレジットをドロップする可能性があります。これらのクレジットはセクション31勢力ストアで新しい報酬と交換できます。
Q：セクション31勢力ストアの新しいアイテム
A：新通貨（セクション31鏡像クレジット）と一緒に、入手可能なアイテムのリストも更新されます。これには、「拷問ブース」禁断の技術、新しい「現地修理」アビリティのピース、その原料（溶接ハードウェア）、エリート連/ク/ロの評判、シンジケートXPパックが含まれています。
Q：新しい禁断の技術のリリースとその主要の恩恵
A：前述の「拷問ブース」のほかに、「タンタロス・フィールド」も登場します。「ブース」（連/ク/ロ勢力ブースト）はPVEに以下のような恩恵をもたらします。非同盟レイド敵対船に対する頂点バリアの増加、連/ク/ロポジティブ評判の増加、非同盟レイドに対する船体HPと基礎ダメージの増加。「フィールド」（PvPダメージ中和）は、他のプレイヤーに対して船体HP増加、ダメージ増加、アイソリティックダメージ、頂点バリアを提供します。
Q：「現地修理」アビリティの有用性
A：戦闘を継続できるか、撤退しなければならないかの分かれ目になります。これらのアビリティは戦闘中、最大船体HPの25%を回復します。ウェーブ防衛の無料パックで、毎日1回無料で発動することができます（プレイヤーは最大10まで発動権を貯めることができ、ストアでウェーブ防衛指令を使うとさらに発動権を手に入れることが可能です）。
Q：「現地修理」のクールダウン時間
A： クールダウンは10分から始まりますが、船のティアが解放されるごとに20秒ずつ短くなります。