深宇宙（暗黒領域とも呼ばれています）は連邦、ロミュラン、クリンゴン、独立派領域のG4以上のエリアです。深宇宙の星系は戦争の霧下にあります。星系の中を見るには、星系内に所有する船や基地がなければなりません。

最低限必要な作戦本部レベルは38で、メインミッション（金の枠で囲まれている）をクリアすると深宇宙に到達することができます。深宇宙へのアクセスにつながるミッションは次のとおりです：

• 買い取った沈黙
• 遠き日の思い出
• 折りたたみ
• 解読
• 交戦地帯
• 研究の入手元
• 永久運動
• 我々の仲間
• 故郷の世界
• シティ・ミドル
• 祖先の返事
• 貴重な資産
• パワーアップ
• 古代ヒューマノイド種族

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