アルマダの標的とはアルマダを使ってのみ攻撃が可能な敵です。この標的は強すぎるため通常の攻撃で倒すことはできません。これらは連邦、クリンゴン、ロミュランや中立地帯など、特定の星系に存在します。

1つのアルマダの標的に対しては、同盟は1つのみアルマダを結成することができます。複数の異なる標的に対しては同時にアルマダを結成することも可能です。

連邦、クリンゴン、またはロミュラン軍に所属するアルマダの敵はその勢力のメンバーとして見なされ、研究、将校、艦船アビリティの対象となります。これらを倒すと勢力ポイント報酬が付与されますが、通常の敵対船とは異なり勢力ポイントのペナルティはありません。