『スタートレック：艦隊コマンド』は戦略ゲームです。つまり、ゲーム内で軍事力を強化したり、研究やボーナスそして将校アビリティを活用して勝利に不可欠な要素を成長させる必要があります。

戦闘中、将校が船体に対して追加ボーナスを与えている場合、戦闘に勝利したのに船が撃破されてしまうことがあります。なぜなら勝利の瞬間まで、船は将校が持つ船体への追加ボーナスで守られていますが、戦闘が終了するとそのボーナスが無くなってしまうからです。結果として、残りのHPと船体ステータスによっては、船が破壊されてしまう可能性があります。これは意図的にデザインされた仕様であり、船のステータスを強化するために使える戦略トリックでもあります。
注意：勝利は、通常通りミッションに反映されます。