Le fazioni forniscono numerosi vantaggi, da navi esclusive alla protezione nel loro spazio. È importante scegliere con attenzione, ma fortunatamente, la devozione non deve essere necessariamente esclusiva!

Per fazioni come la Federazione, i Romulani e i Klingon, la propria reputazione può diminuire o aumentare in base a specifiche azioni di gioco (scegliere la parte sbagliata in una missione, distruggere una nave della propria fazione nel suo territorio, ecc.).

Nelle fazioni sopra indicate, ci sono quattro blocchi di reputazione a 10M di punti, 1B di punti, 15B di punti e 500B di punti.

Una volta raggiunte, la propria reputazione non potrà più scendere sotto quel livello. Questo è un vantaggio preziosissimo nel caso si voglia aumentare la propria reputazione presso altre fazioni.

Invece la reputazione di Potenziati, Fuorilegge e Bajoriani funziona diversamente. Per loro non esistono soglie simili, la vostra reputazione non può mai diminuire.