Le missioni sono una parte centrale del gioco; non solo presentano la vastità dell'universo di STFC, ma forniscono anche ricompense esclusive e l'accesso a località isolate.

Le missioni più importanti sono quelle principali. Per avanzare nel gioco è fondamentale completare la catena di missioni principali, perché apriranno la strada e avranno un impatto cruciale sul gameplay! È possibile riconoscere le missioni principali dalla cornice dorata che racchiude il titolo della missione.