Lo spazio profondo (chiamato anche Spazio oscuro) consiste nelle aree C4+ dello spazio della Federazione, dei Romulani, dei Klingon e dello spazio Indipendente. Nello spazio profondo, i sistemi sono immersi nella nebbia di guerra, per cui serve avere una nave o una base all'interno del sistema per vedere all'interno del sistema stesso.

Il livello Operazioni minimo necessario è il 38, e per raggiungere lo spazio profondo è necessario completare le missioni principali (contraddistinte da una cornice dorata). Le missioni che vi porteranno ad accedere allo spazio profondo sono:
  • Il prezzo del silenzio
  • Lontani ricordi
  • Ripiegamento
  • Decifra
  • Zone di guerra
  • Scienza associata
  • Moto perpetuo
  • Uno di noi
  • Pianeti d'origine
  • Centro città
  • Risposta ancestrale
  • Risorsa inestimabile
  • Potenziamento
  • I Primigeni
> Spazio oscuro!