Star Trek Fleet Command è un gioco di strategia, e come tale offre l'opportunità di aumentare la propria forza in gioco o di concentrarsi su aspetti diversi di crescita come la ricerca, i bonus e le Abilità dell'ufficiale.

Se hai degli ufficiali che forniscono bonus scafo aggiuntivi durante una battaglia, può succedere che, anche se vinci, la tua nave venga comunque distrutta. La spiegazione sta nel fatto che questi bonus scafo aggiuntivi si applicano alla nave solo per la durata delle battaglie: una volta terminate, i bonus non contano più e, a seconda dello stato dello scafo in quel momento, la nave può risultare distrutta. Questo comportamento è normale e inteso come una mossa strategica per incrementare le statistiche della nave. Si prega di notare, inoltre, che anche in quel caso la vittoria viene aggiunta normalmente al totale utile per le missioni.