La nouvelle boutique de faction Section 31 ouvre avec 6 rangs et une belle collection de récompenses, comprenant notamment les nouvelles faveurs de la section 31, des bonus pour les Défenses par vagues, des rééquipements spéciaux, le jeton Code de la section 31 qui permet de participer aux DPV, des particules primordiales, de l'EXP du Syndicat ou encore des ressources sigma. Vous pourrez également y obtenir les officiers Équipe d'assaut ainsi que Carol Freeman, de manière permanente.

Parmi les avantages de la section 31, à condition d'avoir assez de réputation, vous pourrez aussi débloquer le lancement rapide d'armada via la boutique. Cette nouvelle fonctionnalité ne concerne que les armadas d'alliance et solo, et permet au chef d'utiliser des accélérations lorsqu'il le désire une fois qu'une armada a été lancée afin de réduire le temps d'attente. Plus vous augmentez le niveau du bâtiment, plus vous trouverez d'offres à la boutique de la section 31.