De nombreux Commanders ont créé un ensemble de règles, appelées « règles d'engagement » (RDE), qui régissent les options JcJ du jeu, bien que Scopely ne soutienne pas officiellement celles-ci.

Les RDE varient d'un serveur à l'autre, mais dictent généralement les comportements acceptables en JcJ – par exemple, quand attaquer des mineurs (seulement lorsque leur cargaison dépasse la quantité protégée, toujours à titre d'exemple).

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