Les attaques (pillages) de base en JcJ deviennent disponibles au niveau 15. Les joueurs peuvent alors attaquer les bases ennemies, et leurs bases peuvent être attaquées si elles ne sont pas protégées par un bouclier de paix actif.

Pour neutraliser les bases ennemies (détruire les vaisseaux amarrés, le bouclier et les plateformes de défense), le mieux à faire est de tenir compte du rapport entre la puissance du vaisseau et son coût de réparation. Il peut falloir 100 tirs faisant mouche ou plus pour réduire à néant les défenses d'une base et la piller complètement, alors réfléchissez bien au moment de choisir votre vaisseau. Entre deux appareils capables d'infliger des dégâts comparables, celui dont le coût de réparation est le plus bas a des chances de se montrer le plus efficace.

Équipages souhaitables
Rom épique - Conglomérat ferengi (c) / John Harrison rare - Section 31 / Worf Garde d'honneur épique - Vengeance de Khitomer
Rom épique - Conglomérat ferengi (c) / John Harrison rare - Section 31 / Un des officiers ci-dessous (si des vaisseaux sont amarrés) :
- Alexander Marcus épique - Section 31 contre les explorateurs
- Liviana Charvanek épique - Patriotes romuliens contre les cuirassés
- Kang épique - Sang et honneur contre les intercepteurs
Kirk épique - Équipage de l'Enterprise (c) / Spock rare - Équipage de l'Enterprise / Khan épique - Équipage de Kahn (joueurs de bas niveau)
Khan épique - Équipage de Kahn (c) / Joachim rare - Équipage de Khan / Kirk épique - Équipage de l'Enterprise (Enterprise uniquement)


Vaisseaux suggérés
1. Amalgam (seulement si le butin de la base est assez important pour que vous puissiez en obtenir plus avec l'aptitude du vaisseau que ce que la cargaison max de votre meilleur vaisseau de prospection vous permettrait d'emporter)
Équipages suggérés : un des équipages souhaitables
2. Le vaisseau de prospection à la plus grande capacité de chargement disponible
Équipages suggérés (cargaison max) : Deux-sur-onze - Unimatrice Douze (c) / Quatre-sur-onze - Unimatrice Douze / Stonn - Prospection et exploitation minière
3. L'aptitude de vaisseau du Jellyfish améliore Rom tout en donnant des chances d'infliger En feu. Si vous utilisez la mécanique d'En feu qui réduit de 1 % les PV de coque, vous pouvez abattre les plus gros vaisseaux au prix de réparations relativement peu coûteuses.
Équipages suggérés : Base de haut niveau avec Kras affecté - Rom épique - Conglomérat ferengi (c) / Nero épique - Équipage de Nero / Georgiou épique - Équipage du Discovery