L'espace profond (également appelé « espace sombre ») regroupe les zones G4 et supérieures des espaces fédéré, romulien, klingon et indépendant. Dans l'espace profond, les systèmes sont plongés dans un brouillard de guerre. Cela signifie que pour voir à l'intérieur de ces systèmes, un de vos vaisseaux ou une de vos bases doit s'y trouver.

Votre centre des opérations doit au moins être de niveau 38, et vous pouvez atteindre l'espace profond en terminant les missions principales (identifiables par leur bordure dorée). Les missions qui vous permettront d'accéder à l'espace profond sont :
  • Le silence est d'or
  • Souvenirs lointains
  • Repli
  • Décryptage
  • Zones de guerre
  • Science syndiquée
  • Mouvement perpétuel
  • Un des nôtres
  • Mondes d'origine
  • Au milieu de la ville
  • Réponse ancestrale
  • Atout inestimable
  • Allumage
  • Les Primordiaux
> Espace sombre !