Le mode Capture de territoire ajoute une nouvelle région d'espace, appelée « secteur originel ». Cette région d'espace est divisée en zones, elles-mêmes composées d'un ou plusieurs systèmes. Mesurez-vous aux autres alliances pour obtenir plus de points qu'elles lors de la prise de contrôle d'une zone pour entrer en possession de cette dernière et l'ajouter au territoire de votre alliance. Tant que votre alliance possède la zone, tous ses membres ont accès aux avantages associés à cette zone.

- Dans le secteur originel, les combats de vaisseaux en JcJ ne sont soumis à aucune restriction de niveau.
- Tous les systèmes du secteur originel suivent les règles de visibilité de l'espace profond.

Prises de contrôle
- Chaque zone a ses horaires de prise de contrôle, pendant lesquels les alliances peuvent s'inscrire afin de participer à sa prise de contrôle et de marquer des points.
- L'alliance qui marque le plus de points pendant la prise de contrôle d'une zone entre en possession de cette zone.

Avantages de posséder une zone
- Les alliances qui possèdent des zones peuvent profiter des avantages suivants :
Logement réservé à l'alliance propriétaire
- Seuls les membres de l'alliance en possession d'une zone du secteur originel peuvent installer leur station dans cette zone.
- Les joueurs qui laissent leur station dans une zone n'appartenant pas à leur alliance ne pourront pas activer de bouclier de paix.

Extractions minières réservées à l'alliance propriétaire
- Seuls les membres de l'alliance en possession d'une zone du secteur originel peuvent effectuer des extractions dans ses systèmes.
- Les vaisseaux miniers peuvent toujours être attaqués par les autres joueurs. Le vainqueur du combat peut voler la cargaison non protégée du vaisseau minier mais ne pourra pas s'amarrer sur la mine après avoir détruit ce dernier.

Services
- La capture d'un territoire donne à l'alliance qui entre en sa possession un accès exclusif à l'achat de services spécifiques liés à cette zone. Les services offrent des bonus octroyés à tous les membres de l'alliance et peuvent uniquement être activés par l'amiral ou les commodores de celle-ci. Les zones de palier élevé proposent des services plus intéressants que celles de bas palier.
- Tous les services obtenus en capturant des zones se cumulent, qu'ils proviennent de la même zone / du même type de service ou non, et durent jusqu'à la fin de la prise de contrôle suivante.

Ressources d'alliance
- La capture de territoires requiert des ressources spécifiques qui peuvent être obtenues par les membres d'une alliance et qui sont automatiquement transférées dans l'inventaire de leur alliance.
- Les membres disposant des permissions adéquates (amiraux et commodores) peuvent utiliser les ressources de leur alliance pour la faire participer à des prises de contrôle et pour activer des services.
- Les ressources d'une alliance lui appartiennent et restent dans son inventaire même si le joueur qui les a acquises la quitte.