Les cibles d'armada sont de puissants ennemis qui ne peuvent être attaqués que par des armadas - ils sont en effet trop coriaces pour que vous les affrontiez seul. Vous pouvez les trouver dans certains systèmes stellaires de la Fédération, des Empires klingon et romulien, et de l'espace neutre.

Une alliance ne peut organiser qu'une seule attaque d'armada à la fois contre une cible d'armada donnée, mais il est possible d'attaquer plusieurs cibles hostiles en parallèle.

Les hostiles d'armada appartenant à la Fédération, aux Klingons ou aux Romuliens sont considérés comme des membres de la faction correspondante pour tout ce qui touche à la recherche ainsi qu'aux aptitudes des officiers et des vaisseaux. Les vaincre vous rapporte des points de faction, mais contrairement aux hostiles standard, vous ne pouvez pas en perdre en cas de défaite.