Star Trek Fleet Command est un jeu de stratégie et en tant que tel, il vous permet d'augmenter votre force dans le jeu ou de vous concentrer sur différents aspects de votre évolution par l'intermédiaire des recherches, des bonus et des aptitudes des officiers.

Si vos officiers vous confèrent un bonus de coque additionnel au combat, il peut arriver que vous remportiez un combat et que votre appareil soit tout de même détruit. Cela vient du bonus de coque donné par les officiers, qui protège votre vaisseau jusqu'au moment de la victoire, mais ne s'applique plus une fois le combat terminé. Suivant la santé qu'il vous reste et vos stats de coque, votre appareil peut donc finir détruit. Il s'agit d'une fonctionnalité prévue, qui peut vous servir à booster les stats de votre vaisseau. À noter : votre victoire est prise en compte comme d'habitude si votre vaisseau finit détruit.