Cuando aparece, la nueva tienda de facción de la S31 cuenta con 6 rangos y una fascinante colección de recompensas, entre las que figurarán (entre otras) los nuevos favores de la Sección 31, bonificaciones para los desafíos de Defensa contra oleadas, algunas modificaciones especiales, claves de la S31 (las insignias para acceder a Defensa contra oleadas), partículas superiores, EXP del Sindicato y recursos sigma. También será un lugar permanente en el que obtener oficiales de equipo de asalto y a Carol Freeman.

Entre otros beneficios, en la tienda de la S31 se podrá desbloquear la opción "Inicio rápido de armada", siempre que se tenga la reputación necesaria. Esta nueva función solo se puede utilizar en las armadas individuales y de alianza, y permite al líder de armada usar aceleraciones después de iniciar una armada, con las que podrá reducir el tiempo de recarga en vez de tener que esperar. Cuanto mayor sea el nivel del edificio, más recompensas se desbloquearán en la tienda de la S31.