Las facciones te aportan varias ventajas, que van desde naves exclusivas hasta una protección especial mientras estés en su espacio. Es importante tener cuidado al elegir, ¡pero afortunadamente no tienes que decantarte solo por una!

Tu reputación en facciones como la Federación, los romulanos o los klingons puede aumentar o disminuir en función de las acciones que realices en el juego (elegir el bando equivocado en una misión, destruir naves de una facción en su espacio, etc.).

En las facciones mencionadas antes, hay cuatro bloqueos de reputación: al llegar a 10 millones de puntos, al llegar a 1000 millones de puntos,  al llegar a 15 000 millones de puntos y  al llegar a 500 000 millones de puntos . Cuando llegas a un bloqueo de reputación, tu reputación nunca descenderá más allá de ese punto. Esto te dará una clara ventaja cuando quieras ganar más reputación con otras facciones.

Por otro lado, la reputación funciona de manera diferente en otras facciones, como los intensificados, los bajoranos o los canallas. En estas facciones no hay bloqueos de reputación, pero nunca perderás reputación.