El espacio profundo (también llamado espacio oscuro) son las zonas del espacio independiente, klingon, romulano y de la Federación de grado 4 o superior. En el espacio profundo, el contenido de los sistemas está oculto por una niebla de guerra, y eso quiere decir que solo podrás ver su interior si tienes una nave o una estación dentro de ellos.

Necesitarás tener como mínimo un edificio de operaciones de nivel 38, y podrás llegar al espacio profundo tras completar las misiones principales (rodeadas por un marco dorado). Las misiones que te darán acceso al espacio profundo son:
  • Comprar silencio 
  • Recuerdos lejanos
  • Plegable 
  • Descifrador 
  • Zonas de guerra 
  • Ciencia sindicada 
  • Movimiento perpetuo 
  • Uno de nosotros 
  • Planetas natales 
  • Centro ciudad 
  • Respuesta ancestral 
  • Activo inestimable 
  • Aumento de poder 
  • El Primigenio 
> ¡Espacio oscuro!