Los objetivos de armada son temibles oponentes que solo se pueden vencer con la ayuda de una armada: son demasiados poderosos para derrotarlos con ataques normales. Se pueden encontrar en algunos sistemas estelares del espacio neutral, klingon, romulano o federado.

Una alianza no puede lanzar más de un ataque simultáneo contra un enemigo concreto, pero puede atacar a varios objetivos hostiles al mismo tiempo.

Los enemigos de armada de origen klingon, romulano o federado contarán como miembros de esa facción a la hora de aplicar los efectos de investigaciones, oficiales y naves. Al derrotarlos se conseguirán puntos de facción como recompensa, pero no se aplicarán penalizaciones a los puntos conseguidos en otras facciones, como ocurre cuando se derriban naves hostiles normales.