Star Trek Fleet Command es un juego de estrategia y, como tal, te ofrece la oportunidad de incrementar tu fuerza o de centrarte en diversos aspectos de tu desarrollo mediante el uso de investigaciones, bonus y aptitudes de oficial.

Si durante una batalla tus oficiales otorgan al casco de la nave un bonus extra, puede que aunque logres ganar el combate, el enemigo consiga derribar tu nave igualmente. Esto se debe a que el bonus extra del casco, otorgado por tus oficiales, protegerá a la nave solo hasta el momento de la victoria; cuando la batalla haya terminado, el bonus dejará de aplicarse y, en función de los parámetros del casco y de la salud restantes, la nave podría caer. Esta es una mecánica intencionada, un pequeño truco estratégico que puedes aprovechar para potenciar los parámetros de tu nave. Ten en cuenta que, a efectos de tus misiones, la victoria se contabilizará como de costumbre.