Diese neue Art von Armada bringt neue Herausforderungen und Belohnungen mit sich. Planung und Vorbereitung werden erforderlich sein, um die Xindi zu besiegen.

Hier einige Details über das Verhalten der neuen Armadas:

- Zu Beginn der Runde die Xindi-Endwaffe nicht brennt, wird der Waffenschaden um X % erhöht (diese Fähigkeit lässt sich unendlich stapeln)

- Jede 8. Runde feuert die Xindi-Endwaffe ihre Superwaffe ab, die einem Schiff tödlichen Schaden zufügt. Diese Waffe kann deaktiviert werden, wenn die Xindi-Endwaffe zu Beginn der Runde, in der sie abgefeuert werden würde, assimiliert wird.

Die Armadas sind im Xindi-Raum zu finden und haben 3 verschiedene Schwierigkeitsstufen: Level 53, 56 und 60. Sie lassen Materialien, Schiffsteile und temporale Artefaktsplitter fallen.