Armada-Ziele sind mächtige Gegner, die nur mit Armadas angegriffen werden können - sie sind zu zäh, um mit Standardangriffen besiegt werden zu können. Sie kommen in bestimmten Sternensystemen im Föderations-, Klingonischen-, Romulanischen- und neutralen Raum vor.

Eine Allianz kann nur einen aktiven Armada-Angriff gegen ein bestimmtes Armada-Ziel gleichzeitig ausführen, aber sie kann gleichzeitig aktive Armada-Angriffe gegen mehrere verschiedene feindliche Ziele ausführen.

Armada-Feinde der Föderation, der Klingonischen oder der Romulanischen Fraktion zählen als Mitglieder dieser Fraktion für Forschungs-, Offiziers- und Schiffsfähigkeiten. Wenn du sie besiegst, erhältst du Fraktionspunkt-Belohnungen, aber im Gegensatz zu normalen Feinden gibt es keine Strafe für Fraktionspunkte.