Star Trek Fleet Command ist ein Strategiespiel und bietet somit die Möglichkeit, die eigene Stärke im Spiel weiter zu steigern oder sich auf verschiedene Aspekte der eigenen Entwicklung zu konzentrieren, indem man die Fähigkeiten von Forschern, Boni und Offizieren einsetzt.

Wenn deine Offiziere dir während des Kampfes einen zusätzlichen Hüllenbonus gewähren, kann es vorkommen, dass du einen Kampf gewinnst, dein Schiff jedoch trotzdem zerstört wird. Der Grund dafür ist, dass der zusätzliche Hüllenbonus, den die Offiziere gewähren, dein Schiff bis zum Moment des Sieges schützen. Sobald der Kampf aber vorbei ist, verfällt der Bonus und abhängig von deiner verbleibenden Gesundheit und deinen Hüllenwerten kann dein Schiff am Ende zerstört worden sein. Dieser Umstand ist beabsichtigt und ein kleiner Strategietrick, mit dem du den Werten deines Schiffes einen Schub verleihen kannst. Dein Sieg wird so wie gewohnt zu deinen erfolgreichen Missionen gezählt.